moe文件需要什么内容|moe分子叠合怎么操作

moe文件需要什么内容|moe分子叠合怎么操作的第1张示图

Ⅰ MOE中怎么运行.svl文件

svl是是一款分子模拟综合软件MOE的脚本语言。

MOE (Molecular Operating Environment),是加拿大化学计算集团公司(CCGI)开发的针对分子模拟及计算机辅助药物设计的综合软件系统,在化学和生物制药领域有广泛的应用,拥有全球几千个用户。

MOE是值得信赖的药物设计辅助工具,功能全面、强大

MOE集可视化、模拟和应用开发于一体,通过蛋白质结构与功能分析、药效团模型、小分子库设计与筛选、定量构效关系分析以及分子对接等核心模块全方位支持药物设计。

MOE能帮您获得更加出色的研究成果

MOE强大的计算能力、全面的模拟功能,以及非常直观的图形界面,赢得了越来越高知名度和普及率,也被众多世界顶尖学术杂志所认可。每年基于MOE发表的高质量论文达数百篇之多,其应用领域包括了无机化学、有机化学、材料科学、化学信息学、生物化学、生物信息学、分子生物学、药物化学和计算化学等方方面面。

不必再为学习软件发愁,MOE易学又好用

你是否曾经为学习药物设计软件花费大量时间,而不能专注于具体的研究?不是计算机专家?不懂编程?没关系,操作MOE你毋须了解这些知识。MOE是为药物化学家和生物学家设计的,它非常便于使用——在这方面,MOE是同类软件产品中的佼佼者。MOE从设计之初即定位成简单易学的视窗工具,用户在统一的可视化界面下,通过点击功能菜单即可完成复杂的模拟计算,并可在交互的三维界面上直观地察看计算结果。这些简单易用的特性最大程度地减少了用户学习软件自身操作的时间,保证了使用者可将主要精力更加集中在实际问题的解决上。

 界面友好

按照使用者习惯的思维方式和使用习惯,将所有计算功能合理的整合在界面统一的可视化窗口和菜单中,且支持信息的实时交互,非常直观方便,从多角度帮助用户分析和判断计算结果。支持多种类型的数据格式,并可将计算结果以各种文件或图像的形式输出。同时,MOE中所有菜单和参数都提供实时的注释功能,用户只需将鼠标放在参数面板上,即可得到详细的注释说明。

使用它进行批处理或者在服务器上大量运算时,就需要用到它的svl脚本语言。

但MOE官方教程以图形界面为主,涉及到svl部分较为简单,有时让初学者摸不着头脑。这里分享本人学习心得。

先准备好如下条件:

MOE软件(有个服务器更好)

分子文件,如.pdb,.mol2,.moe等(这里我们以3Q6X_ZZ7.moe为例)

<启动程序>

启动MOE命令行():[…]$moebatch

启动图形界面:双击MOE图标即可

<选取>命令

Ⅱ 怎么用MOE查找蛋白的口袋

上传一个指明口袋中心的分子文件(使用pdb、mol2、sdf等常用格式)到平台,平台会计算它们的几何中心,从而确定对接口袋的中心位置。比如,用文本编辑器NotePad++打开POCASA输出文件1uwh_TopN_pockets.pdb,删除Pocket C~F的信息,保留Pocket A和B的信息,保存pdb文件,上传到平台。MOE会非常贴心地为各个Pocket分配了不同的链名A~F;根据上面提到的Rank order信息,Pocket A的残基名为222、Pocket B为146。据此,可以迅速找到两个Pocket的所有信息。该方式不限于POCASA的输出文件,也可以使用其他预测软件的输出文件,还可以上传自己创建的文件,比如通过PyMOL等软件在口袋中选择若干氨基酸残基,保存为pdb文件。如果格式不正确,平台会抛出异常错误。对于不太了解分子文件格式的用户,建议使用下拉列表的方式来定义对接口袋。

Ⅲ 求国家教育部文明礼仪进校园原始文件

文件名:《中小学文明礼仪教育指导纲要》。文明礼仪教育是培养学生良好行为习惯和提高思想道德素质的重要途径,是推进素质教育的重要环节。加强中小学文明礼仪教育,既是弘扬中华民族传统美德的需要,也是培养社会主义合格公民的必然要求,是需要常抓不懈的重要工作。教育部关于印发《中小学文明礼仪教育指导纲要》的通知:http://www.moe.e.cn/publicfiles/business/htmlfiles/moe/s3325/201101/114631.html

Ⅳ PDB上的图如何下载用moe打开

PDB图可以用以下方法打开:1、打开计算机的浏览器,在浏览器的搜索引擎中键入“iSilo4、32汉化版”,进行搜索,在搜索结果中找到下载链接。2、点击本地下载,将iSilo4、32汉化版软件下载到计算机中。3、下载完毕后,打开下载文件所在的文件夹,因下载好的文件是压缩包格式,需要先解压到当前文件夹中。4、双击进入到isilo文件夹中,在文件夹中找到“isilo.exe”文件。

Ⅳ 您好,请问如何用moe软件将mol批量转换成mol2格式呢

1:dock程序中有个工具叫sdf2mol2。一听这个名字就知道是加sdf文件转化为mol2的。不过你需要和dock官方网站申请dock程序。2:Openbabel 这个软件非常好用,不过如果sdf是包含多个分子的文件,转化有些麻烦,需要先将多分子文件拆分成单个分子文件,即一个文件中只有一个分子,然后用babel转化就OK啦,当然可以用循环语句批量转换。

Ⅵ moe软件怎么进行相似化合物搜索

新学的,可以参考一下:第一步:先将你的分子结构逐一保存成文件.moe。第二步:file–new–datebase–保存成.mdb。第三步:打开第二步建的mdb文件—file–import–add–将小分子添加进去。第四步:compute–conformations–search可以进行构象搜索。

Ⅶ 下载PSP游戏文件夹内没有ISO文件,全是moe怎么处理如何变成ISO文件具体如图。

是不是iso不是看文件名是看后缀名,你没有开后缀名所以我不是很清楚你这些压缩包是什么文件。不过没有解压出后缀为iso的文件的话应该是你还没有解压到低,有些人害怕丢包所以有多重打包的习惯,你这个应该也一样。随便选择一个压缩文件解压就行了。以上,如有疑问欢迎追问。

Ⅷ 文本文件里想要的指定数据导入到MEMOE里,如何把下面的数据取出来传到EDIT

你说的应该是想把文本格式的数据,再转回到数据表里吧?

推荐用EXCEL里的数据分列:

1.将所要的文本数据复制到EXCEL的A1单元格中。

2.用鼠标选择第一列即A列

3.插入-数据-数据分列。

4.1在选项卡中选择第一行。即(分隔符号)。下一步

5.选择适合的分隔符号,这里选择空格。

4.2(也可以在选项卡中选择第二行。即(固定宽度)。下一步)

下一步后就得到一个数据表。

你的文本表中的列分隔为【空格】,建议如果可能的话,列分隔使用其它与文本内容不同的字符如%$!…….

因为这里的列分隔为【空格】,所以还需要调整一下表格。

6.全选并复制这个数据表,使用编辑-【选择性粘贴】。

7.在选项卡中使用【转置】,确定后就可以提取你需要的数据了:)

开始没看清你的问题,附图也许不很清楚。请见谅。这就是我常用的EXCEL提取文本数据方法。也请行家们提供更好方案。

Ⅸ 英国留学生回国证明具体怎么办

到中国大使馆教育处或总领馆开具留学回国人员证明。

凡符合上述规定要求的中国留学人员,毕业(结业)回国前(回国前两周内来大使馆办理,不可提前来办),可持本人护照、学位证书、学习成绩单三个材料的原件(指接受学历教育的留学人员)、或进修、学习经历证明(指普通访问学者、博士后和大学间交换留学生),到中国大使馆教育处或总领馆开具留学回国人员证明。

如虽已结束学业,尚未取得毕(学位)业证书或因特殊原因暂无法来使馆开具留学人员回国证明者,可在取得学位(结业)证书后委托他人持本人护照复印件、学位(结业)证书及成绩单原件前来大使馆或总领馆办理。

(9)moe文件需要什么内容扩展阅读:

留学回国人员证明要求规定:

1、对于毕业已超过两年的留学生,不予开具第二联:即海关申报联,只能开具第一联:即留学生联。我处不做学位证书和毕业证认证和公证,如果在回国后需要对国外取得学历证书认证的话,可持我处开具的“留学回国人员证明”以及其他做认证需要的材料到中国留学服务中心做认证。

2、交换留学生需要提交留学院校开具的学习事实证明和成绩单,博士后需要留学院校开的博士后学习经历证明,访问学者需要学习单位开的学习研究经历证明。

Ⅹ moe分子叠合怎么操作

MOE分子对接教程1.在MOE窗口open打开一个有小配体的蛋白(PDB或moe文件)点击Compute→prepare→Protonate3D(使质子化)点击OK。打开SEQ面板删去水分子和与小配体无关的其他杂配体或离子在MOE窗口右边点击SiteView点击System,改变配体颜色使得小配体显示绿色C骨架在MOE窗口点击Surface→recepter在MOE。接下来对接一个小配体点击Compute→dock在Recepter选项选择Recepter+Solvent其它选择默认值。点击Run。在表单你会看到有不同的构象对接结果,包括RMSD值。2.创建一个药效团模型在MOE窗点Compute→Pharmacophore→QueryEditor点击R,这样会创建基于受体的药效团特征。点击口袋中显示的小球,然后点击feature,这样在对接口袋就会显示药效团。3.化合物数据库的对接关闭PharmacophoreQueryEditor面板在MOE窗口点Compute→DockOutput选项选择一个对接结果数据库名字,这里命名moe_dock2Receptor选项为Recepter+SolventLigand选项为MDBFile,选择要对接的pde5inhibitors.mdb(这里说明一下,mdb格式是MOE独有的,用的不多,但是可以将常用的sdf和mol2格式转化为mdb格式,方法为将sdf或mol2文件用MOE打开成表单。

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