⑴ linux 提取已知文件的前缀作为生成文件的前缀
#!/bin/bashfor i in `ls *.bam` doname=${i%.*}bam2fastq -o $name#.fastq $idone
⑵ fasta，bam和gff格式的文件是用来描述什么类型的数据，每种格式的基本组成是什么
bam 和 gff不是很清楚，fasta知道一点。fasta是基因序列文件，第一行是序列的描述或者名称，用'>'符号开头。然后换行，第二行开始是基因序列，一般DNA的话就是A，G，C，T四种字符组成。有的FASTA第二行是不换行的，有的是换行的。这点需要注意。
⑶ CAD图怎么转换成BAM格式
你可以通过cad自带打印机，选择打印机类型，打印成JPG格式输出，在用过图形处理软件导入JPG文件另存为BAM格式就是了，希望对你有帮助。
⑷ 为什么我的samtools把sam文件转换为bam文件之后，bam文件是0字节
1、sort sort对bam文件进行排序。 Usage: samtools sort [-n] [-m ] -m 参数默认下是 500,000,000 即500M（不支持K，M，G等缩写）。对于处理大数据时，如果内存够用，则设置大点的值，以节约时间。 -n 设定排序方式按short reads的ID排序。
⑸ 如何得到 indexed bam files
首先以普通用户的身份登录Windows XP（SP2）系统，安装并运行LC4。在打开的要求注册的对话框中单击“先不注册”或“注册”按钮。在程序主窗口中依次单击“文件”→“LC4向导”菜单命令，如图所示。打开“LC4向导”对话框，单击“下一步”按钮，如图。在打开的“获得加密口令”对话框中选中“从本地主机破解密码文件”单选钮，并单击“下一步”按钮，如图。打开“选择破解方法”对话框，选中“中级强度破解密码”单选钮，并单击“下一步”按钮，如图。在打开的“选择报告结果风格”对话框中，选中所有的复选框，并单击“下一步”按钮，如图。打开“开始破解”对话框，单击“完成”按钮开始破解，如图。完成破解过程后打开LC4对话框，提示用户全部破解任务已经完成，单击“确定”按钮。返回LC4程序主窗口，窗口中列出了本机所有的用户账户及对应的密码，其中也包括系统管理员账户密码，如图。记录下密码，并以系统管理员身份登录重新登录系统即可。
⑹ 为什么bam文件 fastq文件
#! /usr/bin/perl -w #启用perluse strict; #启用严格的语法提示open (IN,"1.fastq")||die "open error!\n"; #打开数据源文件1.fastq，如果打开失败则终止并输出提示open (OUT,">1.fasta")||die "open error!\n"; #打开输出文件1.fasta，如果打开失败则终止并输出提示while (<IN>){#逐行读取数据源文件1.fastq内容 print OUT ">",$1,"\n" if (/^@(.*)/); #如果当前行内容以@开头，则将@换为>，后续内容不变 print OUT $_ if (/^[ATGC]/); #如果当前行内容以A或T或G或C开头，则输出改行内容} #其他fastq行内容不输出到输出文件close (IN); #关闭数据源文件close (OUT); #关闭输出文件数据源文件内容：输出结果：
⑺ 如何统计bam文件中的reads数←糗世界对《如何计算cuffdiff中的fpkm
1.读取日志文件。对于bowtie的日志，其中会包括如下的描述：31991083 reads; of these:31991083 (100.00%) were unpaired; of these:6844445 (21.39%) aligned 0 times18391269 (57.49%) aligned exactly 1 time6755369 (21.12%) aligned >1 times78.61% overall alignment rate从中，我们就可以了解到测序文件的总reads数为31991083,其中100%是unpaired。其中，21.39%没有比对成功，有57.49%确定为一个比对位点，有21.12%有多余一处位点。
⑻ 什么是 BAM
它能够提供对业务流程的端对端的可见性，还能够给出有关各种操作、流程和交易的状态和结果的精确信息，以便您可以找出问题所在并在企业内解决问题。 BAM 框架提供了一种用于监视各种不同业务应用程序，并显示 SQL 查询数据和聚合报告数据 (OLAP) 的实时方式，这种方式对于各种交易是一致的，并且非常简单。通过使用查询和聚合，您不仅可以得到在运行业务流程过程中出现的数据，还可以得到运行的业务流程的状态信息和其动态状态，而不论该业务是如何自动执行的。 BAM 将商业运营智慧和应用程序集成技术应用到自动流程中，以便基于直接来自运营活动知识的反馈不断改进这些自动流程。除了审核业务流程和业务流程管理系统外，BAM 还可发送事件驱动的警报，这些警报可用于提示那些可能需要采取某些行动的业务的决策者做出相应调整。为什么要使用 BAM？目前，企业通常会使用各种各样的业务应用程序，如客户关系管理 (CRM)、SAP 以及随时间而不同的内部订单管理、采购或开发应用程序。这些应用程序经常是使用完全不同的技术，运行于五花八门的操作系统上，包括使用 COM 和 COM+ 的 COBOL 程序、C# 和 Java。 同时，典型企业的很多方面要基于人员手工操作，如电话、传真和电子邮件。在如此复杂的环境中，要知道“企业正在做什么”变得日益困难。然而，随着市场节奏的不断加快，企业能够快速做出决策以利用市场机会或防止损失这一点显得前所未有的重要。如果IT 经理希望降低其分布式 IT 环境的成本，同时提高服务质量，可以将 BAM 用作监视解决方案。BAM 提供关于整个企业中的业务关键服务器和应用程序的、用于管理的概览，同时还提供工程、设计和产品部门中高性能工作站和应用程序的工作状况的详细情况。BAM 揭示了端对端业务流程的可见性需求。通过了解业务中的各种角色如何与业务流程交互，以及这种交互过程中的数据要求，业务分析员可以通过 BAM 向导在 Microsoft Office Excel 中与 BAM 设计时图面进行交互，以便创建活动和查看定义，从而支持各种角色的这些可见性需求。更具体地说，BAM 通过以下方式来处理企业所面对的挑战： 通过BAM 门户使业务最终用户能够获得更多功能业务警报和通知更好的可见性形成机制和使用体验业务流程的端对端可见性支持管道，并间接支持适配器和 Web Services即时活动更改侦听器和跟踪配置文件指南
⑼ 怎么在下一代测序数据bam文件中产生indel标记
可以采用变异检测软件生成vcf文件，文件中有indel标记，比如samtools，gatk，varscan等
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